Secondo la tradizione più diffusa, Bonifati sarebbe nata nel 1057 ad opera dei profughi della città di Hiele distrutta nello stesso anno da Roberto il Guiscardo. I superstiti della città greca (che si trovava poco più avanti) si rifugiarono sulle colline dove si trova oggi il paese e precisamente nella zona detta del vaccaro.
Il nome Bonifati è collegato probabilmente col latino Bonumfactum (bene-fatto) anche se in molti lo riportano al nome del Castello Bonifati una fortezza costruita sul Monticello a guardia della via storica Sibari - porto dei Focesi. Certo col nome di Castel Bonifati, nel 1270 il feudo fu donato a Gismondo Palmieri da Carlo I d'Angiò che lo volle ricompensare dell'aiuto ricevuto nella conquista del Regno di Napoli. Fino al XVI secolo Bonifati restò un casale dell'Università di Sangineto. Oltre al centro storico di Bonifati si è sviluppata di recente la frazione di Cittadella di Capo Bonifati (detta comunemente Cittadella del Capo o lido di Bonifati) che è diventata un ottimo centro turistico balneare. La frazione Cittadella di Capo Bonifati si trova sul mare. Per Bonifati bisogna andare verso l'interno. Prendere la strada per il centro storico di Sangineto e seguire l'indicazione per Bonifati. In tutto sono quattro chilometri dalla costa.